São Vicente perdeu seu papel de porto principal a partir de 1539, com a fundação da povoação de Santos por Brás Cubas,
antigo morador da região.
Em 1549, Tomé de Sousa, o primeiro governador - geral e seis
jesuítas, sob responsabilidade de Manuel da Nóbrega, aportavam em
Salvador.
Sousa e Nóbrega visitaram juntos a
capitania de São Vicente
em 1553. Quando subiram ao planalto, encontravam diversas povoações, dispersas pelo campo, o que levou Tomé de Sousa de juntar-las numa vila.
Num lugar até hoje não exatamente identificado, perto da borda do campo, onde tinha uma ermida (capela) com nome do apóstolo Santo André,
Tomé de Sousa fundou a vila de Santo André (da Borda do Campo). Nomeou João Ramalho como capitão desta vila.
Ainda no final desse ano, Manuel da Nóbrega determina a construção de uma capela e um colégio perto da aldeia de Tibiriçá
(
centro histórico de
São Paulo).
Aí, na colina entre os rios Tamanduateí e Anhangabaú, no dia
25 de janeiro
de 1554 (dia da festa da conversão do
Saulo, perseguidor de cristãos, em apóstolo
Paulo),
os padres da Companhia de Jesus celebraram a primeira misa. É a data oficial do nacimento (fundação) de São Paulo.
Em 1560, tendo se formado um bairro no entorno do colégio dos jesuítas, sendo ameaçado por ataques frequentes dos índios
Carijó e
Tamoio, o terceiro Governador Geral do Brasil, Mem de Sá, sob solicitação dos padres jesuítas,
ordenou a transferência da vila de Santo André para as imediações do colégio, o que deu origem à cidade de São Paulo.
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