No seu percurso pela costa brasileira, combateu e apresou navios franceses
e desmantelou feitorias de
pau-brasil
que os franceses tinham estabelecidos.
Passaram por
Rio de Janeiro, onde ficaram 3 meses (30.04 - 01.08)
e onde estabeleceram um posto militar (
casa forte).
Partiram do Rio o primeiro de agosto, indo direto a
Cananéia, onde chegaram o dia doze.
Encontraram um grupo de europeus que já moravam aí faz décadas e que aparentemente tinham conhecimento de uma
trilha (
Peabiru ?),
que ia levar-les a minas de ouro e prata.
Martim Afonso de Sousa decidiu de enviar um grupo armado de 80 homens, sob o comando de Pero Lobo e guiados por Francisco de Chaves,
em direção ao Paraguai.
Em 24 de setembro, a outra parte da esquadra partiu de Cananéia, continuando sua rota para o
sul.
Chegando no rio Santa Maria (atual Rio da Prata), no começo de novembro, o navio de Martim Afonso de Sousa naufragou.
Em 23 de novembro, seu irmão, Pero Lopes de Sousa, partiu com uma nave e 30 homens Rio da Prata acima,
retornando após de 20 dias para reunir-se de novo à esquadra.
Retornaram todos ao norte, passando de novo por Cananéia (para ver, se tinha notícias da expedição de Pero Lobo)
e chegaram na ilha de São Vicente em 22 de janeiro de 1532.
No período
pré-colonial, quer dizer entre a descoberta de São Vicente
em 22 de janeiro de 1502 (Expedição de Lemos / (Coelho) / Vespúcio) e a chegada
de Martim Afonso em 1532, vários exploradores já tinham aportados em São Vicente
(ex. Diogo Garcia, no seu caminho para o Rio da Prata, em 15 de janeiro de 1527).
Similar a Cananéia, entre outros devido à existência de feitorias de pau - brasil, também já havía europeus que se tinham estabelecidos
aí.
A pesar disso, Martim Afonso de Sousa consta na história como o fundador oficial da vila de São Vicente, a primeira
vila européia da colônia e início do período
colonial.
Em 10 de outubro de 1532, dois moradores da região,
João Ramalho e Antônio Rodrigues, ambos casados com as filhas dos caciques indígenas
Tibiriçá e Piquerobi,
guiaram Martim Afonso de Sousa pela
Trilha dos Tupiniquins, aos Campos de Piratininga
(atual Planalto Paulista) onde ele concediu a primeira
sesmaria da colônia a Pero de Góes.
Eventualmente, de Sousa estabeleceu aí um posto militar avanzado, porque deve ter ouvido falar ou pelo menos supeitado da
existência de outras trilhas (
Peabiru ?) do planalto para o interior do pais.
Alguns historiadores alegam que de Sousa, com exceção para João Ramalho e alguns poucos fidalgos portugueses,
fechou a trilha, prohibindo o acesso ao planalto,
para reservar a exploração posterior do sertão para a coroa portuguesa.
Quando de Sousa veio a saber que Pero Lobo e seus 80 homens
foram aniquilados pelos
índios
Carijó, perto da confluência dos rios Iguaçu e Paraná, ele decidiu de retornar para Lisboa,
onde chegou em meados de agosto de 1533.
Foi nomeado capitão do mar da Índia, para onde ele partiu a 14 de março de 1534.
Em 20 de janeiro de 1535, Martim Afonso de Sousa foi nomeado donatário das
capitanias
de São Vicente e Rio de Janeiro. Nunca mais voltou para o Brasil.