Ainda em São Vicente, em carta datada de 28 de setembro de 1532,
Martim Afonso de Sousa foi informado do rei,
de Portugal, Dom João III de Portugal que decidíu de dividir o
Brasil, ao leste da linha de demarcação de
Tordesilhas
e paralelo ao Equador, em 15 faixas de tamanho variável, as chamadas
capitanias hereditárias.
Em analogía as outras colônias portuguesas, a administração destas capitanias foi concedida a 12 pessoas da nobreza de Portugal,
os chamados donatários ou capitães - mores.
Em reconhecimento dos seus serviços no Brasil entre 1531 e 1533, Martim Afonso de Sousa, em carta datada de 20 de janeiro de 1535,
foi concedido a capitania de São Vicente, dividida em duas faixas,
entre
Cananéia e
Bertioga e entre Caraguatatuba e Macaé.
Seu irmão mais jovem, Pero Lopes de Sousa, recebeu a faixa intermediária
entre Bertioga e Caraguatatuba, a capitania de Santo Amaro.
Com excepção das duas capitanias de São Vicente e de Pernambuco, onde os donatários com a ajuda de intermediários
conseguiram de estabelecer uma relação de parceria com os
índios, este sistema administrativo do
período colonial foi um fracasso.